龙华寺是上海地区历史最悠久和规模最大的佛教寺院。相传三国东吴孙权赤乌五年(242年)，古西域康居国高僧康僧会来江南弘传佛法。一天，他路过龙华荡，只见这里水天一色，莽草遍野，因此地是广泽龙王的故宫，会和尚遂于此地建寺。后来孙权又施资二万缗建塔，以供奉五色舍利。

        唐垂拱三年(687年)武则天赐修塔钱五千贯、银千锭，建成圆通宝殿。唐末黄巢军兴，塔寺同毁。据文献记载，宋太平兴国三年(978年)五代时吴越王钱俶夜泊海上，风雨骤至，见草莽中祥光烛天，钟梵隐然，问之，方知此地是古龙华寺旧址，于是命张仁泰重建。建成后，寺、塔南北相邻，雄伟壮观，香火极一时之盛。

        宋治平三年(1066年)重修时曾赐额“空相寺”。元末兵燹，寺院被毁，仅存古塔。

        明永乐年间(1403～1424年)再建殿宇，成为松江府第一大寺，方才恢复旧名，仍称“龙华寺”。

        嘉靖三十二年(1553年)皇太后曾赐名“万寿慈华禅寺”，明万历年间，神宗为龙华寺御批“大兴国万寿慈华禅寺”额，被列为中国天台宗十刹之一。

        明代以后又恢复旧名，经多次重修，规模渐弘。清咸丰年间毁于兵火。自清同治至光绪年间又经多次重修，香火日盛；现存建筑为清光绪元年(1875年)重建。建国后政府多次拨款修缮，仍保持了宋代的伽蓝七堂制。